国家作物种质资源库（新疆分库）依托新疆农业科学院农作物品种资源研究所，是国家作物种质资源库的参建单位之一，承担着新疆及西北地区种质资源保护与分发共享，目前保存来自世界上20多个国家和地区、我国各省市及新疆的各类农作物种质资源近3万份。2007年建成新疆第一个也是唯一一个综合性植物资源数据库，包括农作物种质资源及其野生近缘种、林果资源、药用植物、花卉等，可实现查询17.9万余份植物资源信息数据和图像数据。

“十三五”以来，国家作物种质资源库（新疆分库）加大了农作物种质资源的收集力度与创新研究的力度，新收集农作物种质资源6000多份，其中中亚地区农作物种质资源3900余份。向科研院所、高校、育种家等提供种质资源累计5600份，提高了资源分发利用效率。